Sim, você tem a opção de habilitar o split de pagamentos apenas para alguns profissionais e não para todos.

Para isso basta você já ter o split habilitado para o estabelecimento, o que é feito pela Avec, e ir em Configurações -> Profissionais -> Regras de Contrato e Comissão. Agora basta clicar em Sim no campo Possui Split na Transação?.  Conforme imagem abaixo: